Если в рамках № 44 ФЗ требуется предоставить лицензию, но участник по предусмотренным в Законе основаниям не обязан иметь лицензию, может ли заказчик отклонить заявку без лицензии?

Да, может. Участник обязан обосновать в заявке, по какой причине у него отсутствует лицензия. Если участник не выполнил этого требования, заказчик вправе отклонить заявку. Об этом сказано в Постановлении 11 ААС от 10.03.2015 № А49‑11911/2014.