В какой форме подается запрос о получении разъяснений по документации?

В любой форме, не запрещенной законодательством. Об этом сказано в Письме Минэкономразвития РФ от 17.12.2015 № Д28и‑3660. Например, такой запрос может быть направлен в бумажной форме через почту. Но он также может быть направлен по факсу или электронной почте.