Надо ли в объеме закупок до 100 тыс. рублей учитывать оборонные закупки?

Да, это необходимо. Такой вывод сделан в Письме Минфина РФ от 07.05.2015 № 02‑02‑08/26427. Позиция Минфина РФ объясняется тем, что п. 4 ч. 1 ст. 93 Федерального закона от 05.04.2013 № 44‑ФЗ не содержит исключений для правил расчета объема закупок по данному основанию. Поэтому и оборонные закупки входят в лимит закупок у единственного поставщика до 100 тыс. рублей.