Можно ли считать СГОЗ по фактическим затратам?

Нет, это не допустимо. Согласно п. 16 ст. 3 Федерального закона от 05.04.2013 № 44‑ФЗ СГОЗ определяется как утвержденный объем финансирования на год, включая оплату по контрактам, заключенным в предыдущем году. Поэтому при расчете СГОЗ необходимо брать утвержденный объем финансирования, а не фактическое заключение, исполнение контрактов.

Об этом говорится в п. 1 Письма Минэкономразвития РФ от 31.12.2014 № Д28и‑2898.