Можно ли отклонить заявку, если она не содержит сведений о гарантийном сроке?

Нет, нельзя. Такой вывод сделан в п. 1 Письма Минэкономразвития РФ от 08.07.2015 № Д28и‑1989. Министерство считает, что гарантийный срок не является характеристикой объекта закупки. Поэтому нельзя отклонить заявку, если участник не указал гарантийный срок.