Можно ли отклонить заявку, если не указано фирменное наименование организации участника?

Да, это возможно. Об этом сказано в Письме Минэкономразвития РФ от 21.07.2015 № Д28и‑2203. Также отклоняется заявка, если фирменное наименование указано недостоверно.