Можно ли отклонить заявку, если наименование страны происхождения в заявке указано недостоверно?

Нет, нельзя. Об этом сказано в Письме Минэкономразвития РФ от 10.11.2015 № Д28и‑3295. Министерство основывает свой вывод на том, что Федеральный закон от 05.04.2013 № 44‑ФЗ не предусматривает соответствующего основания отклонения заявки.