Можно ли отклонить заявку на этапе рассмотрения второй части или заключения контракта, если выявлены недостоверные сведения о товаре?

Нет, нельзя. Об этом сказано в п. 4 Письма ФАС РФ от

29.12.2014 № АК/54357/14. Ведомство считает, что Федеральный закон от 05.04.2013 № 44‑ФЗ не предусматривает такого основания отклонения второй части заявки или отказа от заключения контракта. Поэтому, даже если уже после рассмотрения первых частей заявки выяснилось, что товар не соответствует требованиям, отклонить заявку нельзя.