Может ли заказчик установить условие о регистрации участника на определенной территории, наличии филиалов на конкретной территории?

Нет, не может. Об этом сказано в Письме Минэкономразвития РФ от 10.08.2015 № ОГ‑Д28‑10702. Министерство основывает свой вывод на общем запрете ограничивать конкуренцию, который установлен в ст. 31 Федерального закона № 44‑ФЗ.