Может ли такой показатель, как «Деловая репутация» зависеть от членства в СРО?

Нет, не может. Об этом сказано в Письме ФАС РФ от 08.10.2015 № АЦ/54940/15. Объясняется это тем, что членство СРО в установленных законом случаях – это обязательное требование к участникам закупки. Участник не обязан вступать в СРО, когда это не предусмотрено Законом. Обратное требование заказчика ограничивает конкуренцию, что является нарушением.