Может ли руководитель заказчика быть председателем закупочной комиссии?

Да, это возможно. Об этом сказано в Письме Минэкономразвития РФ от 12.05.2014 № Д28и‑703. Министерство основывает свою позицию на том, что в Федеральном законе от 05.04.2013 № 44‑ФЗ нет соответствующего запрета.