Электронные заявки должны рассматриваться заказчиком, если об этом указано в извещении.

Точку в этом вопросе поставил Восемнадцатый арбитражный апелляционный суд от 14.10.2014 N 18АП-10626/2014 по делу N А34-2971/2014.
В предварительной истории заказчик установил в документации возможность подачи заявки в электронном виде, при этом рассматривал заявки только в бумажном виде, а все заявки в электронном виде даже не стал брать в рассмотрение. Ущемленный участник пожаловался в ФАС, где антимонопольный орган стал на сторону истца. Не удовлетворившись решением Заказчик обратился в суд, но суд оставил решение ФАС без изменения, руководствуясь тем, что заказчик предусмотрел подачу в электронном виде, на электронные адреса указанные в документации. Укажи заказчик в извещении о подаче в электронной форме заявки через Единую информационную систему, решение суда было бы другим, тем не менее, такой информации не было, что и стало отправной точкой в решении конечной инстанции.