Должен ли заказчик отклонить заявку, если в составе заявки нет сертификата о месте происхождения товара?

Да, должен. В соответствии с ч. 5 ст. 66 Федерального закона от 05.04.2013 г. № 44‑ФЗ в составе второй части заявки должны быть в том числе документы, подтверждающие соответствие условиям, запретам и ограничениям в рамках ст.14 Федерального закона от 05.04.2013 г. № 44‑ФЗ. Документом, подтверждающим место происхождения, является сертификат по форме СТ‑1.

В случае отсутствия сертификата, заявка отклоняется. Об этом сказано в Письме Минэкономразвития РФ от 11.11.2014 г. № Д28и‑2315. Причем заявка отклоняется даже в том случае, если в первой ее части было указано место происхождения товара (Письмо Минэкономразвития РФ от 31.12.2014 г. №Д28и‑2917). Аналогичные выводы сделаны в Письме Минэкономразвития РФ от 10.02.2015 г. №Д28и‑184, Письме Минэкономразвития РФ от 17.09.2015 № Д28и‑2780. Применительно к Приказу Минэкономразвития РФ от 25.03.2014 г. № 155 вывод об этом сделан в Письме Минэкономразвития РФ от 30.11.2015 г. №Д28и‑3441.