Будет ли отказано в согласовании, если не по вине заказчика по № 44 ФЗ протокол не был опубликован на официальном сайте закупок?

Нет, отказ в согласовании в данной ситуации незаконен. Такой позиции придерживаются суды (см., напр., Постановление 6 ААС от 24.11.2014 № А73‑9526/2014). Суды исходят из того, что протокол должен быть сформирован автоматически и за сбой на сайте заказчик не несет ответственности.