Можно ли включать в контракт условие о расчетах через счет подрядчика, открытый в конкретном субъекте РФ?

Нет, нельзя. Об этом сказано в Письме Минэкономразвития РФ от 29.01.2015 № Д28и‑104. Министерство считает, что включение такого условия нарушает ст. 31 Федерального закона от 05.04.2013 № 44‑ФЗ, а также необоснованно ограничивает конкуренцию.